Referát medzinárodných projektov koordinuje multilaterálnu vedeckú spoluprácu, zabezpečuje účasť SAV v programoch ERA-Net a Európske partnerstvá. Realizuje program Spoločných výskumných projektov (Joint Research Projects – JRP), ktorý je zameraný na podporu a rozvoj spolupráce s vedecky vyspelými krajinami. Referát zabezpečuje spoluprácu v oblasti vedy a techniky medzi európskymi partnermi a Japonskom v rámci konzorcia European Interest Group (EIG) CONCERT-Japan. Poskytuje tiež poradenskú a konzultačnú činnosť pre výskumných pracovníkov SAV, ktorá vyplýva z účasti SAV v uvedených programoch. V súčinnosti so zahraničnými partnermi zabezpečuje prípravu a realizáciu medzinárodných výziev na podávanie projektových návrhov. Referát vykonáva pravidelne finančný monitoring projektov podporovaných z rozpočtových prostriedkov SAV v rámci programov ERA-Net, Európske partnerstvá, JRP a ďalších multilaterálnych programov. Pre Predsedníctvo SAV vypracováva priebežné a celoročné hodnotenia MVTS. Aktívne spolupracuje s orgánmi štátnej správy a so zastupiteľskými úradmi v SR a v zahraničí.